Filogenia y biogeografía latitudinal de la familia Papillomaviridae - Zambrano-Mila, Marlon S.; Sibaja-Cordero, Jeffrey A.; Alfaro-Núñez, Alonzo (Revista de Biología Tropical, 2020)
Filogenia y biogeografía latitudinal de la familia Papillomaviridae. Introducción: El gradiente de diversidad latitudinal, un patrón ecológico fundamental para los organismos superiores ha servido para explicar el incremento de la diversidad de especies desde los polos hacia los trópicos. ¿Podemos entonces explicar la biodiversidad de papilomavirus (PV) basado en este patrón? Objetivo: Analizar la diversidad filogenética y la filogeografía de los genotipos y especies más conocidas que pertenecen a la Familia Papillomaviridae aislados y molecularmente caracterizados por sus locaciones latitudinales distantes alrededor del mundo. Métodos: Recolectamos 238 secuencias de genes que codifican las proteínas de la cápside viral L1 y L2 a partir de la base de datos PaVE. Un mapa de calor geográfico basado en la ubicación de PV permitió analizar la distribución y el número de especies de PV por país. Posteriormente, un árbol filogenético basado en secuencias de aminoácidos concatenadas L1 y L2 se construyó utilizando una combinación de métodos Bayesianos y de Máxima Verosimilitud con Geneious versión 11.2.1 y BEAST versión 1.8.4. Con respecto al análisis estadístico, se realizaron tres análisis de componentes principales utilizando el índice de similitud de Jaccard para presencia-ausencia, a fin de evaluar la similitud de los grupos en el árbol filogenético en función de sus especies virales, el huésped o las listas de países. El análisis de redundancia basado en la distancia generó una gráfica de ordenación de la similitud de la lista de especies virales por grupo del árbol filogenético vs las especies hospedadoras por grupo, la lista de países por grupo y el número de muestras por grupo. Finalmente, la significancia de cada modelo se evaluó mediante análisis de varianza (ANOVA). Resultados: Existió una tendencia clara de la mayoría de las especies de papilomavirus agrupadas en regiones del norte. Nuestro análisis sustenta en gran medida la división taxonómica en los principales géneros de virus del papiloma (Alfa, Beta, Gama, Delta, Lamda, Xi, Ípsilon y Ji), como se informó en estudios anteriores. Los PV de los quelonios, papilomavirus en tortugas, apareció como el grupo más antiguo para todos los papilomavirus. Inconsistencias menores fueron encontrados dentro de algunos de los principales grupos taxonómicos explicadas por los análisis filogenéticos. Además, una serie de análisis estadísticos fueron realizados para determinar la significancia en la diversidad de especies correlacionada con la locación geográfica. Debido a diferentes esfuerzos en el muestreo de datos con poca replicación en ciertos grupos, hospedadores, y países, los modelos no se ajustaron a la hipótesis propuesta. Conclusiones: Los análisis filogeográficos permitieron determinar la distribución global de la diversidad de especies de PV por locación latitudinal. Como en la mayoría de las especies de PV fueron agrupados en las regiones del norte, esto claramente podría representar un sesgo estadístico porque esfuerzos más grandes en los estudios de PV históricamente han sido realizados en Estados Unidos de América y Europa. La tendencia biogeográfica del gradiente latitudinal de especies no aplica para los virus del papiloma. A pesar de que no se obtuvo apoyo para el patrón filogeográfico de LDG para PV, nuestros resultados podrían ser solo el producto de un artefacto social, económico y científico y no un fenómeno natural.